Protel99SE提供了模擬/數(shù)字混合仿真，其仿真引擎使用伯克利分校的SPICE3f5/xspice，它可以精確的仿真由各種元器件構成的電路。對于復雜的數(shù)字器件，Protel99SE允許使用一種特殊的描述性語言(Digital SimCode),設計者可通過它建立相應的數(shù)字器件模型，以供Protel99SE仿真使用。它所執(zhí)行的分析功能有：

(1)靜態(tài)工作點分析(Operating Point):
靜態(tài)工作點分析可用于分析直流穩(wěn)態(tài)電路和交流放大電路的靜態(tài)工作點。選擇合適的靜態(tài)工作點是交流放大電路進行正常工作的前提。

(2)直流掃描分析(DCS)：
直流掃描分析是直流轉移特性分析，允許設置兩個掃描變量，通常第一個掃描變量(主獨立源)所覆蓋的區(qū)間是內循環(huán)，第二個掃描變量(次獨立源)掃描區(qū)間為外循環(huán)。

(3)交流小信號分析(AC Small Signal):
交流小信號分析是一種線性領域分析，仿真程序將首先分析計算電路的直流工作點，以確定電路中非線性元件的線性化模型參數(shù)，然后在設計者指定的頻率范圍內，對變換后的線性化電路進行頻率掃描分析。

(4)瞬態(tài)分析(Transient Analysis):
瞬態(tài)分析是一種非線性時域分析方法，它可以在給定激勵信號(或無任何激勵)的條件下，計算電路的時域響應。它類似于利用示波器觀察各節(jié)點電壓或電流的波形。瞬態(tài)分析時，電路的初始狀態(tài)允許設計者自行指定。

(5)溫度掃描分析(Temperature Sweep):
溫度掃描分析是指在一定溫度范圍內進行電路參數(shù)計算，從而確定溫度漂移等性能指標。它不能單獨使用，必須在瞬態(tài)分析、直流掃描分析或交流小信號分析時，才允許使用溫度掃描分析。

(6)傅立葉分析(Fourier Analysis):
傅立葉分析是在大信號正弦瞬態(tài)分析時，對輸出的最后一個周期波形進行諧波分析。一個周期為T的函數(shù)g(t).

(7)噪聲分析(NOISE)：
噪聲分析可通過繪制噪聲譜密度圖，以確定電阻噪聲和半導體噪聲對噪聲特性的影響。噪聲譜密度按每赫茲噪聲強度繪制，系統(tǒng)能夠計算下列噪聲：輸入噪聲、輸出噪聲和器件噪聲。

(8)傳遞函數(shù)分析(Transfer Function)：
傳遞函數(shù)分析是在直流工作點的基礎上，在電路直流偏置附近將電路線性化，從而計算電路的輸入阻抗，輸出阻抗以及直流增益。

(9)蒙特卡羅分析(Monte Carlo)：
蒙特卡羅分析是一種統(tǒng)計模擬方式，它是在給定電路元器件參數(shù)容差的統(tǒng)計分布規(guī)律的條件下，用一組組偽隨機數(shù)求得元件參數(shù)的隨機抽樣序列。對這些隨機抽樣的電路進行直流、交流小信號、瞬態(tài)分析，并通過多次分析的結果估算出電路性能的統(tǒng)計分布規(guī)律以及電路的合格率、成本等等。

(10)參數(shù)掃描分析(Parameter Sweep):
參數(shù)掃描分析允許設計者在指定的范圍內，以自定義的增幅掃描元件的參數(shù)值，它可以與其它分析方法配合起來使用，對電路所執(zhí)行的分析進行參數(shù)掃描，對于研究電路參數(shù)變化對電路特性的影響提供了很大的方便。

另外，Protel99SE還可以方便對波形進行多種函數(shù)運算，如：求平方、正弦、對數(shù)、導數(shù)、反相等。