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6年前的一款U盤大小DNA測序儀終于有了新用途

發(fā)布時(shí)間:2018-02-09 來源:Heather Hamilto 責(zé)任編輯:lina

【導(dǎo)讀】便攜式DNA測序儀公司Oxford Nanopore Technologies在2012年發(fā)表了相當(dāng)于一般U盤大小的USB測序設(shè)備,其尺寸比一副紙牌更小。盡管具有創(chuàng)新性,但也存在不少問題——包括有一點(diǎn)延遲,有時(shí)也不太準(zhǔn)確。該測序儀可從雙股螺結(jié)構(gòu)中取得單鏈DNA,并經(jīng)由蛋白質(zhì)孔傳送少量的電流。


 
英國伯明翰大學(xué)(University of Birmingham)研究人員透過納米孔技術(shù)為Oxford Nanopore測序儀開發(fā)超長讀長,并擴(kuò)展其功能為整個(gè)基因組進(jìn)行測序。
 
便攜式DNA測序儀公司Oxford Nanopore Technologies在2012年發(fā)表了相當(dāng)于一般U盤大小的USB測序設(shè)備,其尺寸比一副紙牌更小。盡管具有創(chuàng)新性,但也存在不少問題——包括有一點(diǎn)延遲,有時(shí)也不太準(zhǔn)確。該測序儀可從雙股螺結(jié)構(gòu)中取得單鏈DNA,并經(jīng)由蛋白質(zhì)孔傳送少量的電流。
 
根據(jù)美國科技網(wǎng)站Ars Technica報(bào)導(dǎo),DNA的4個(gè)堿基(A、C、G、T)能以不同方式改變納米孔兩側(cè)電流與電壓,透過測量該電流與電壓的變化,就能分別對于單鏈DNA進(jìn)行測序。
 
六年后的今天,研究人員由于關(guān)注這些蛋白質(zhì)納米孔的特性,發(fā)現(xiàn)了該測序儀的新用途。在日前發(fā)表于《自然生物技術(shù)》(Nature Biotechnology)期刊的論文中,英國伯明翰大學(xué)的研究人員介紹該測序儀所提供的超長讀長(long read),以及如何將它用于為先前抗拒表征的人類基因組進(jìn)行測序。該設(shè)備還可用于決定來自另一個(gè)基因的兩組染色體,為整個(gè)基因組定位表觀遺傳學(xué)控制的區(qū)域。
 
該測序儀的新用途是由英國伯明翰大學(xué)(University of Birmingham)微生物與感染學(xué)研究所教授Nick Loman和博士班研究生Josh Quick共同開發(fā)的。Quick在發(fā)展讀長方法方面扮演重要角色。
 
雖然該測序儀仍然易于出錯(cuò),但比起具有較高準(zhǔn)確度的測序儀發(fā)生錯(cuò)誤時(shí)卻更勝一籌,特別是在讀取具有超過200個(gè)堿基的DNA時(shí)。當(dāng)DNA重復(fù)時(shí),其他的軟件程序也沒輒了。而當(dāng)高度準(zhǔn)確的設(shè)備搭配Oxford Nanopore的小型設(shè)備使用時(shí),可實(shí)現(xiàn)一種提供序列的折衷方案,并顯示該序列如何形成更大的部份。
 
該研究采用不同的軟件解決方案和電壓數(shù)據(jù)詮釋數(shù)據(jù),探索幾種產(chǎn)生最佳納米孔測序的方法。研究人員以多種方法進(jìn)行多次讀取和繪圖,最終達(dá)到了99.44%的準(zhǔn)確率。
 
Ars Technica的報(bào)導(dǎo)中解釋,因?yàn)槲覀兝^承了分別來自父母的兩個(gè)復(fù)制染色體——盡管版本不同,但底層的DNA是相同的。這意味著短讀長的DNA無法確定二者分別為何。因此,納米孔提供的長讀取極其關(guān)鍵。在實(shí)驗(yàn)過程中,研究人員發(fā)現(xiàn)其讀長高達(dá)88.2萬個(gè)堿基,這是在最初的基因組測序計(jì)劃中無法實(shí)現(xiàn)的。研究人員并預(yù)測,這項(xiàng)新的應(yīng)用將有助于填補(bǔ)原始基因組計(jì)劃中的所有空缺。
 
研究人員在研究過程中確實(shí)也遇到了一些挑戰(zhàn)。他們發(fā)現(xiàn)用于保存DNA數(shù)據(jù)的通用檔案規(guī)格無法處理過長的序列,導(dǎo)致分析軟件出現(xiàn)故障。當(dāng)然,如果能更新軟件使其包含這項(xiàng)功能,那么未來應(yīng)用可能性是無止境的。
 
Loman說:“即使是在一年前,實(shí)際上也還難以對整個(gè)人類的基因組進(jìn)行測序,但得力于納米孔等技術(shù)近來的進(jìn)展和創(chuàng)新,我們現(xiàn)在已能測序非常長的基因組片段。”他還把這種測序方法比喻為拼圖。
 
“在這項(xiàng)研究中,最重要的發(fā)現(xiàn)之一是,即使完成了人類基因組參考或者認(rèn)為已經(jīng)完成一段時(shí)間了,它仍然包含許多不足的部份,我們開發(fā)的新方法采用納米孔測序發(fā)展出超長讀長,從而縮短了序列中的一些差距。”





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